Di puncak kernel preemptive multitasking yakni Exec, ia melibatkan suatu abstraksi perangkat keras unik Amiga, suatu sistem operasi disket yang disebut AmigaDOS, sebuah sistem berjendela API disebut Intuition dan dengan antarmuka pengguna grafis disebut Workbench. Sebuah command line interface disebut AmigaShell juga tersedia dan terintegrasi pada sistem. GUI dan CLI saling melengkapi dan berbagi keistimewaan.
Pemegang hak intelektual Amiga terkini adalah Amiga Inc. Mereka mengambil alih AmigaOS 4, tetapi tidak mengembangkannya sendirian, sebagai gantinya diserahkan kepada Hyperion Entertainment. Pada 26 Desember 2006, Amiga Inc menghentikan lisensi Hyperion untuk meneruskan pengembangan AmigaOS 4. Kepemilikan AmigaOS (khususnya 4.0) masih menyisakan kontroversi dan kini berada di dalam subjek pendakwaan.